Le VSA constitue une association au sens des articles 60 et suivants du CCS. Son organe suprême est l'Assemblée générale où chaque membre à une voix.

Les membres du VSA sont des personnes, des administrations publiques, des associations spécialisées, des bureaux d’ingénieurs, des entreprises, des écoles et des instituts qui, par leurs activités, sont intéressés à la protection des eaux ou aux techniques d’épuration des eaux usées. A l’heure actuelle, le VSA compte environ 1'400 membres, représentés par 2'300 spécialistes.

Les 5 CC sont responsables du contenu des publications, des manifestations et des cours de formation. Chaque CC est composée de 15 à 40 bénévoles, membres de l’Association.

Le comité est l'organe stratégique de l'Association. Le secrétaire général se charge de la direction opérationnelle du VSA et encadre le travail des CC. Il est soutenu par les six collaboratrices et collaborateurs permanent-es du secrétariat.